Den zweiten Impuls für die organisierte Diakonie gab die Notsituation in Deutschland unmittelbar nach dem Zweiten Weltkrieg. 1945 wurde das Hilfswerk der Evangelischen Kirche in Deutschland unter Leitung des späteren Bundestagspräsidenten Eugen Gerstenmaier gegründet. Das Hilfswerk verteilte zunächst Hilfssendungen, die aus der Ökumene nach Deutschland kamen. Vertriebene und Flüchtlinge wurden mit Unterstützung des Hilfswerks angesiedelt, entwurzelte Jugendliche erhielten zusätzlich eine Ausbildung und ein Zuhause.

Im Laufe der 50er und 60er Jahre wurden das Evangelische Hilfswerk und die Innere Mission auf Landesebene in den neugegründeten Diakonischen Werken zusammengeführt. In Westdeutschland entstand daraus 1975 das Diakonische Werk der EKD.

In der DDR behielt die von 1969 bis zur Vereinigung 1991 eigenständige Dachorganisation beide Bezeichnungen im Namen: Diakonisches Werk – Innere Mission und Hilfswerk – des Bundes der evangelischen Kirchen.

Die Arbeit von Innerer Mission und Hilfswerk wurde bereits 1948, bei der EKD-Kirchenversammlung in Eisenach, im Artikel 15 der Grundordnung der EKD als „Wesens- und Lebensäußerung der Kirche“ beschrieben. In der heutigen Satzung des Diakonischen Werkes heißt es weiter: „Die Kirche hat den Auftrag, Gottes Liebe zur Welt in Jesus Christus zu bezeugen.
Diakonie ist eine Gestalt dieses Zeugnisses und nimmt sich besonders der Menschen in leiblicher Not, in seelischer Bedrängnis und in sozial ungerechten Verhältnissen an. Sie sucht auch die Ursache dieser Nöte zu beheben.“